Die effektivste Therapie, die sich weltweit durchgesetzt hat, ist das komplette rückstandslose Beseitigen der Herde durch eine Operation. Die Fortschritte der Endoskopie haben es in den 90er Jahren zunehmend ermöglicht, die besonders belastenden Leibschnittoperationen zu vermeiden. Bei kompletter technischer Ausstattung und moderner Anästhesie kann ein entsprechend trainiertes Team heute praktisch jede Endometriose per Bauchspiegelung operieren.

Fast alle Operationen sind ambulant durchführbar. Eine wichtige Ausnahme hierzu sind z. B. Fälle mit schwerem Befall der Darmwand.

Muss Darmwand entfernt oder der Darm gekürzt werden, ist anschließend künstliche Ernährung für zwei Tage notwendig. Dies ist ambulant nicht möglich. Die Bauchspiegelung erlaubt sehr präzises Operieren durch den Einsatz von computerisierten Vergrößerungskameras. Mit der Optik kann der Operateur jeden entlegenen Winkel des Beckens ausleuchten. Die Herde können durch Hitze verkocht, durch Laserlicht ausgebrannt oder mit Schneidgeräten (Schere, Laser, elektrisches Skalpell, Ultraschall – Skalpell) ausgeschnitten werden.

Bei einer Endometrioseoperation muss der Operateur möglichst viele Techniken bereithalten. Er muss in der Lage sein, variabel auf unterschiedliche Probleme reagieren zu können, z. B. muss er endoskopische Nahttechniken beherrschen, idealer Weise auch endoskopische Mikrochirurgie (zur Korrektur von z. B. Harnleiter- oder Darmverletzungen).

Große Endometrioseherde müssen immer komplett herauspräpariert werden, da man beim bloßen Verkochen oder Erhitzen keine Kontrolle über die Schädigung der Umgebung behält. Man riskiert bei allen anderen Techniken, dass die Herde nicht rückstandfrei entfernt werden. Kleine und oberflächliche Veränderungen kann man dagegen zeitsparend durch thermische Verfahren veröden. Sorgfältige Endometrioseoperationen können sehr zeitraubend sein.